Le 7 septembre 2026, la Cour des comptes a rendu publique son évaluation de la politique vaccinale menée en France depuis 2018. Son diagnostic est contrasté : les obligations vaccinales des nourrissons ont produit des avancées, mais plusieurs couvertures restent insuffisantes et le suivi numérique du statut vaccinal demeure très incomplet.
Pour les professionnels de santé, le sujet est immédiatement concret. Un patient qui ne sait pas quels vaccins il a reçus, un carnet papier oublié ou une vaccination non enregistrée peuvent conduire à une occasion manquée de prévention. La Cour recommande donc de profiter de chaque contact avec le système de santé pour vérifier le statut vaccinal et proposer, si nécessaire, un rattrapage.
Vaccination 2026 : un bilan contrasté depuis 2018
L’évaluation de la Cour porte sur la vaccination de la population générale depuis 2018. Elle laisse de côté les politiques exceptionnelles conduites pendant la crise du Covid-19 ainsi que la vaccination des professionnels de santé.
Cette période a pourtant été marquée par deux transformations importantes : le passage de trois à onze vaccinations obligatoires chez les nourrissons et l’élargissement progressif des compétences vaccinales à davantage de professionnels.
La vaccination représente une dépense publique significative, mais la Cour continue de la présenter comme un investissement de prévention. D’après les chiffres repris par Public Sénat, la politique vaccinale a représenté 1,4 milliard d’euros en 2024. Les remboursements de vaccins par l’Assurance Maladie ont atteint 617 millions d’euros et ont progressé de près de 70 % entre 2018 et 2024, notamment en raison de l’utilisation de vaccins plus coûteux.
Des progrès nets chez les jeunes enfants
La Cour constate un effet positif de l’extension des obligations vaccinales chez les nourrissons. Les couvertures se sont améliorées et les disparités entre territoires ont diminué.
Ce résultat ne signifie toutefois pas que tous les objectifs sont atteints. La rougeole, la vaccination contre les papillomavirus humains et la grippe restent trois points de vigilance majeurs. Les inégalités territoriales ont reculé, mais les écarts sociaux persistent.
Une prévention encore trop dépendante du parcours du patient
Le statut vaccinal reste souvent dispersé entre un carnet papier, le dossier du médecin traitant, les logiciels des différents vaccinateurs et Mon espace santé. Lorsqu’aucun support n’est complet ou immédiatement accessible, le professionnel doit consacrer du temps à reconstituer l’historique.
Ce manque de visibilité peut retarder un rattrapage ou empêcher une vaccination au moment opportun. La campagne contre le HPV au collège en a fourni un exemple : l’absence de carnet a parfois empêché de vacciner des élèves pourtant éligibles.
Carnet de vaccination électronique : pourquoi reste-t-il incomplet ?
Le carnet de vaccination électronique est intégré au dossier médical de Mon espace santé. Il ne s’agit donc pas d’une application indépendante. Le patient peut y retrouver ses informations de santé, tandis que les professionnels qui le suivent peuvent alimenter le dossier dans les conditions prévues par le service.
Selon les données de la Cour rapportées par Le Monde, environ un tiers des assurés ont activé Mon espace santé. Parmi eux, seuls 11 % disposent de données de vaccination renseignées.
Le service numérique existe donc, mais son contenu ne permet pas encore de connaître de manière fiable le niveau de protection de l’ensemble de la population. Plusieurs facteurs peuvent expliquer cette situation : les vaccinations anciennes n’ont pas toutes été reprises, les informations restent réparties entre différents supports et l’alimentation du carnet n’est pas encore fluide dans tous les logiciels professionnels.
La Cour observe également que les pharmaciens renseignent plus largement les données, notamment lorsqu’ils vaccinent contre la grippe, tandis que les autres vaccinateurs rencontrent encore davantage de difficultés techniques ou organisationnelles.
Quelles informations faut-il conserver après une vaccination ?
L’Assurance Maladie rappelle que le professionnel doit inscrire dans le carnet de santé ou dans le carnet de vaccination numérique :
ses nom et prénom d’exercice ;
la dénomination du vaccin administré ;
la date d’administration ;
le numéro de lot.
Si cette inscription n’est pas possible, le professionnel remet une attestation de vaccination comportant les mêmes informations. Lorsqu’il n’est pas médecin, il transmet également ces données au médecin traitant par messagerie sécurisée de santé, sous réserve du consentement de la personne vaccinée.
La traçabilité ne constitue donc pas une simple formalité administrative. Elle permet d’éviter les vaccinations inutiles, de sécuriser les rappels et de faciliter la continuité du suivi entre les différents professionnels.
HPV, rougeole et grippe : trois couvertures encore insuffisantes
HPV : une campagne au collège encore en retrait
La Cour estime que seulement 55 % des jeunes âgés de 15 ans sont vaccinés contre les papillomavirus humains, alors que la couverture dépasse 80 % dans plusieurs pays européens cités en comparaison, notamment le Portugal, l’Espagne et la Suède.
La vaccination proposée au collège constitue une avancée, mais sa mise en œuvre reste inégale. La disponibilité de l’autorisation parentale, l’accès à l’historique vaccinal et les différences entre établissements peuvent encore entraîner des occasions manquées.
Rougeole : un seuil de protection collective non atteint
Plus de 870 cas de rougeole et au moins quatre décès ont été recensés en France en 2025, selon les éléments du rapport repris par Public Sénat. La couverture demeure inférieure au seuil de 95 % nécessaire pour prévenir durablement les épidémies.
Pour les professionnels de premier recours, ces données renforcent l’intérêt de vérifier les deux doses attendues chez les personnes concernées et de se référer au calendrier vaccinal 2026 lorsqu’un rattrapage doit être envisagé.
Grippe : une couverture éloignée de l’objectif
La vaccination antigrippale recule depuis 2022 et reste éloignée de l’objectif de 75 % chez les populations ciblées. Les inégalités sociales sont particulièrement visibles : en 2022, la couverture des bénéficiaires de la complémentaire santé solidaire était inférieure de 18 points à la moyenne nationale.
Ces écarts invitent à ne pas limiter la promotion de la vaccination aux patients qui la demandent spontanément. Les personnes atteintes de maladies chroniques, les patients âgés et les publics éloignés de la prévention doivent pouvoir bénéficier d’une information claire, adaptée à leur situation et dépourvue de jugement.
Des vaccinateurs plus nombreux, mais une mobilisation encore inégale
L’élargissement des compétences a fortement augmenté le nombre de professionnels susceptibles de participer à la vaccination. D’après la Cour, l’intégration des infirmiers et des pharmaciens a ajouté près de 640 000 vaccinateurs potentiels. Environ 63 000 préparateurs en pharmacie peuvent également administrer certains vaccins dans les conditions prévues par les textes.
Le nombre théorique de vaccinateurs a ainsi presque triplé. Pourtant, l’activité s’est surtout développée dans les pharmacies pour la vaccination contre la grippe. La participation des autres professions reste plus limitée.
Le ministère de la Santé rappelle que les compétences diffèrent selon la profession, l’âge du patient, le vaccin et l’existence éventuelle d’une immunodépression. Les infirmiers peuvent notamment prescrire et administrer les vaccins du calendrier aux personnes de 11 ans et plus, hors vaccins vivants atténués chez les personnes immunodéprimées, sous réserve d’avoir suivi la formation exigée et déclaré l’activité auprès de leur ordre. Des règles particulières s’appliquent à la grippe et au Covid-19.
L’élargissement du droit de vacciner ne suffit donc pas, à lui seul, à améliorer la couverture. Il doit s’accompagner d’une maîtrise du calendrier, d’un repérage actif des personnes éligibles et d’une traçabilité partagée.
Que faire lorsqu’un patient ignore son statut vaccinal ?
La priorité consiste à reconstituer l’information disponible avant de conclure qu’un vaccin manque. Dans la pratique, le professionnel peut :
consulter avec le patient son carnet papier, son carnet de santé et son dossier dans Mon espace santé ;
rechercher les attestations ou comptes rendus remis lors de vaccinations antérieures ;
comparer l’historique retrouvé aux recommandations du calendrier vaccinal en vigueur ;
proposer un rattrapage lorsqu’il est indiqué, dans le respect de ses compétences professionnelles ;
enregistrer immédiatement la vaccination réalisée ou remettre une attestation complète si l’inscription numérique est impossible ;
transmettre l’information aux autres professionnels concernés par un canal sécurisé.
La Cour propose d’aller plus loin en faisant de tout contact avec le système de santé une occasion de vérifier le statut vaccinal. Au cabinet, à l’officine ou au domicile, une question simple sur le carnet peut ainsi révéler un rappel oublié ou une vaccination jamais documentée.
Se former à la promotion et à la prescription vaccinale
La mise à jour des connaissances ne porte pas uniquement sur les produits et le calendrier. Elle concerne aussi l’entretien pré-vaccinal, le repérage des contre-indications, la réponse à l’hésitation et l’utilisation des outils numériques de traçabilité.
La formation EREVO Promotion de la vaccination, proposée en classe virtuelle aux infirmiers, aborde les recommandations, la traçabilité, la pharmacovigilance et les méthodes permettant de répondre aux freins des patients. La page indique une prise en charge DPC à 100 % et une indemnisation pouvant atteindre 266 €, sous réserve d’éligibilité, d’agrément et de droits disponibles.
Pour les infirmiers souhaitant approfondir l’exercice de leur droit de prescription, la formation en e-learning Prescription de la vaccination traite notamment du calendrier, du rattrapage, du carnet vaccinal, du DMP et de la transmission sécurisée. Elle est annoncée comme prise en charge à 100 % par le FIF PL, jusqu’à 300 €, sous réserve d’éligibilité, d’agrément et de budget disponible.
Questions fréquentes
Où se trouve le carnet de vaccination électronique ?
Il est intégré au dossier médical de Mon espace santé. Le patient peut y retrouver son carnet de vaccination avec ses autres documents de santé, sous réserve que les informations aient bien été ajoutées.
Le patient peut-il ajouter lui-même une information ?
Le titulaire de Mon espace santé peut ajouter des informations et des documents utiles à son suivi. Lorsqu’une vaccination est réalisée, le professionnel conserve néanmoins sa propre obligation de traçabilité : inscription dans le carnet ou remise d’une attestation avec les informations requises.
Que faire si le professionnel ne peut pas alimenter Mon espace santé ?
Il doit inscrire les informations dans le carnet de santé ou le carnet de vaccination disponible. À défaut, il remet une attestation précisant son identité professionnelle, le vaccin administré, la date et le numéro de lot.
La fin de l’année 2028 constitue-t-elle une nouvelle obligation légale ?
Non. Il s’agit d’une recommandation formulée par la Cour des comptes : alimenter le dossier médical partagé et le système national des données de santé avec les données de tous les vaccinateurs, puis permettre aux assurés de reconstituer leur historique vaccinal avant la fin de 2028. Ce calendrier ne doit pas être présenté comme une obligation déjà entrée en vigueur.
Sources
Cour des comptes — présentation officielle des principales conclusions, 7 septembre 2026
Public Sénat — rapport sur la situation vaccinale des Français, 7 septembre 2026
Ministère de la Santé — Compétences vaccinales des professionnels de santé
Assurance Maladie — Vaccination : calendrier, réalisation et traçabilité
Assurance Maladie — Mon espace santé, carnet de santé numérique et sécurisé
Haute Autorité de santé — Actualisation du calendrier des vaccinations 2026
À retenir
Le rapport de la Cour des comptes publié le 7 septembre 2026 reconnaît les progrès obtenus depuis l’extension des obligations vaccinales, mais pointe des couvertures encore insuffisantes pour le HPV, la rougeole et la grippe.
Environ un tiers des assurés ont activé Mon espace santé et, parmi eux, seuls 11 % disposent de données vaccinales renseignées.
Après chaque vaccination, le nom du professionnel, le vaccin, la date et le numéro de lot doivent être conservés dans le carnet ; une attestation est remise si l’inscription est impossible.
L’élargissement des compétences vaccinales doit désormais se traduire par davantage de vérifications, de rattrapages et de transmissions sécurisées.
La généralisation d’un historique complet avant fin 2028 est une recommandation de la Cour des comptes, pas une nouvelle obligation déjà applicable.
