Depuis le 1er septembre 2026, les règles de prescription des arrêts de travail pour maladie ont changé. Le prescripteur doit désormais indiquer systématiquement le motif médical de l’interruption de travail. La durée est aussi encadrée : 31 jours au maximum pour une prescription initiale et 62 jours pour chaque prolongation.
Ces plafonds ne constituent toutefois pas une durée totale maximale d’arrêt. Une prescription plus longue reste possible lorsque l’état du patient le nécessite, à condition de motiver la dérogation. Voici ce qui change concrètement dans la pratique des médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes.
Arrêt de travail 2026 : quelles règles sont entrées en vigueur ?
La réforme résulte de l’article 81 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026. Les durées maximales ont ensuite été fixées par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, désormais codifié à l’article R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale.
Pour tout arrêt de travail pour maladie établi depuis le 1er septembre 2026 :
- le motif médical doit être renseigné systématiquement ;
- la première prescription est limitée à 31 jours ;
- chaque prolongation est limitée à 62 jours ;
- une durée supérieure reste possible si la situation du patient le justifie et si le prescripteur explique la dérogation.
Ces règles concernent les arrêts prescrits par les médecins, les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes, dans le respect du champ de compétence de chaque profession. Elles ne s’appliquent pas aux arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle (AT/MP). Le texte réglementaire précise également que les plafonds de durée ne sont pas applicables à Mayotte.
Une prescription initiale limitée à 31 jours
Lorsqu’un nouvel arrêt de travail est nécessaire, sa durée ne peut en principe pas dépasser 31 jours. Cette limite porte sur l’avis initial établi à une date donnée, et non sur toute la période pendant laquelle un patient pourrait être médicalement empêché de travailler.
Le prescripteur conserve donc son appréciation clinique. Il détermine la durée adaptée à l’état de santé, aux limitations fonctionnelles et aux conditions d’exercice professionnel du patient, en s’appuyant lorsqu’ils existent sur les référentiels de durée élaborés après avis de la Haute Autorité de santé.
Chaque prolongation limitée à 62 jours
Lorsque la reprise n’est pas possible au terme de l’arrêt initial, chaque prolongation peut être prescrite pour une durée maximale de 62 jours. Là encore, il s’agit d’un plafond par prolongation, pas d’une limite cumulée à la durée de l’arrêt.
Les règles habituelles sur l’auteur de la prolongation restent applicables. Elle doit en principe être établie par le prescripteur de l’arrêt initial ou par le médecin traitant. Des exceptions existent notamment en cas d’hospitalisation, de remplacement ou d’intervention d’un spécialiste consulté à la demande du médecin traitant.
Le motif médical devient systématiquement obligatoire
Depuis le 1er septembre 2026, les éléments d’ordre médical et les motifs justifiant l’interruption de travail doivent être indiqués pour chaque prescription.
Cette information est destinée au service médical de l’Assurance Maladie. Elle permet au médecin-conseil d’apprécier la justification de l’arrêt et sa durée. Elle ne figure pas sur le volet remis à l’employeur : le secret médical reste donc préservé.
En pratique, il ne suffit pas d’écrire une formule trop générale. Le motif doit permettre de comprendre pourquoi l’état du patient empêche temporairement la poursuite ou la reprise de son activité professionnelle. Le prescripteur doit ainsi relier la situation clinique aux conséquences fonctionnelles qui justifient le repos.
Peut-on dépasser les plafonds de 31 et 62 jours ?
Oui. La réforme ne retire pas au professionnel sa liberté de prescription lorsque l’état de santé exige une durée supérieure. Une dérogation est possible si deux conditions sont réunies :
- la situation individuelle du patient nécessite un arrêt plus long ;
- le prescripteur justifie explicitement cette durée sur l’avis d’arrêt de travail, en tenant compte des recommandations de la HAS lorsqu’elles existent.
Le dépassement ne doit donc pas être automatique, mais il n’est pas interdit. Une pathologie grave, une intervention lourde, des complications ou des limitations fonctionnelles durables peuvent par exemple conduire à retenir une durée supérieure. La justification doit être personnalisée et cohérente avec les constatations médicales.
Dans le téléservice e-AAT d’amelipro, une justification est automatiquement demandée dès que la durée saisie dépasse le plafond. Sur le formulaire papier sécurisé actuellement disponible, le prescripteur doit ajouter la mention de la dérogation et son motif dans la rubrique « éléments d’ordre médical », en complément du motif de l’arrêt.
e-AAT, logiciel métier ou Cerfa : comment appliquer la réforme ?
Avec le téléservice e-AAT d’amelipro
La prescription dématérialisée reste la voie à privilégier. Le téléservice demande systématiquement le motif médical et contrôle les informations saisies. Les volets destinés à l’Assurance Maladie sont télétransmis ; seul le volet 3 destiné à l’employeur doit être imprimé, signé et remis au patient.
Lorsque le plafond de 31 ou 62 jours est dépassé, amelipro affiche le champ nécessaire pour justifier la dérogation. Les durées de référence peuvent également être proposées en fonction du motif médical renseigné.
Avec un logiciel de prescription
Les téléservices d’avis d’arrêt de travail intégrés aux logiciels d’aide à la prescription pourront s’adapter aux nouvelles exigences à compter du début de l’année 2027. Pendant cette phase transitoire, il est prudent de vérifier que le logiciel demande bien le motif médical et, le cas échéant, la justification du dépassement.
Si l’outil n’intègre pas encore les champs requis, le téléservice e-AAT disponible sur amelipro permet d’appliquer immédiatement les nouvelles règles.
Avec le formulaire papier sécurisé
Le papier reste réservé aux situations dans lesquelles la dématérialisation est techniquement impossible. Le motif doit être écrit en toutes lettres sur le volet 1, dans la rubrique « éléments d’ordre médical ».
En cas de dépassement du plafond, il faut ajouter dans cette même rubrique la mention de la dérogation et sa justification. Cette consigne s’applique dans l’attente d’une nouvelle version du formulaire Cerfa sécurisé.
Ce qui ne change pas avec la réforme de septembre 2026
Le nouveau plafonnement ne remplace pas les règles déjà applicables à la prescription d’un arrêt de travail.
Depuis septembre 2025, un avis papier doit obligatoirement être établi sur le Cerfa sécurisé lorsque la télétransmission n’est pas possible. Un formulaire papier non sécurisé est rejeté. Pour distinguer cette obligation antérieure des nouveautés de 2026, consultez notre article sur le nouveau formulaire obligatoire pour les arrêts de travail.
La limite applicable en téléconsultation reste également distincte : un arrêt prescrit ou renouvelé à distance ne peut en principe pas dépasser trois jours. Des exceptions existent, notamment lorsque le prescripteur est le médecin traitant ou son remplaçant, lorsque la sage-femme est référente, ou lorsque le patient démontre qu’il ne peut pas consulter en présentiel pour une prolongation.
Enfin, l’arrêt doit commencer le jour de la prescription et demeurer justifié par l’état de santé. Les durées de référence proposées par l’Assurance Maladie sont indicatives : elles doivent être adaptées à chaque patient et à son activité.
Les bons réflexes pour sécuriser une prescription
Avant de valider un avis d’arrêt de travail, sept vérifications simples permettent de limiter les erreurs :
- Confirmer que l’arrêt est médicalement nécessaire à l’amélioration de l’état de santé.
- Évaluer les répercussions fonctionnelles de la pathologie au regard du poste occupé.
- Choisir une durée individualisée, en consultant les référentiels disponibles.
- Renseigner le motif médical sur le volet destiné au service médical.
- Vérifier le plafond : 31 jours pour l’arrêt initial, 62 jours pour chaque prolongation.
- En cas de dépassement, documenter la dérogation et sa justification clinique.
- Utiliser en priorité l’e-AAT et, seulement en cas d’impossibilité, le formulaire papier sécurisé.
Il est également utile d’expliquer au patient que les informations médicales sont transmises à l’Assurance Maladie et non à son employeur. Lors d’un e-AAT, le patient doit adresser à l’employeur le volet 3 qui lui est remis, dans le délai habituel de 48 heures.
Questions fréquentes
Un arrêt maladie ne peut-il désormais jamais dépasser 31 jours ?
Non. Trente et un jours constituent le plafond de la prescription initiale, pas une durée totale maximale. Une prolongation peut ensuite être prescrite si l’état du patient le nécessite. Une première prescription supérieure à 31 jours est également possible lorsqu’elle fait l’objet d’une dérogation médicalement justifiée.
Une prolongation de plus de 62 jours est-elle interdite ?
Non. Chaque prolongation est en principe plafonnée à 62 jours. Une durée supérieure reste possible si le prescripteur estime qu’elle est nécessaire et indique clairement sa justification sur la prescription.
L’employeur peut-il voir le motif médical de l’arrêt ?
Non. Les éléments médicaux figurent sur les volets destinés au service médical de l’Assurance Maladie. Le volet 3 remis à l’employeur ne comporte pas le diagnostic du patient.
Les arrêts liés à un accident du travail sont-ils concernés ?
Non. Les nouvelles obligations de plafonnement présentées ici concernent les arrêts maladie hors accident du travail et maladie professionnelle.
La règle des trois jours en téléconsultation disparaît-elle ?
Non. Elle reste applicable indépendamment des nouveaux plafonds, avec les exceptions prévues par les textes.
Sources
- Assurance Maladie — Nouvelles règles de prescription depuis le 1er septembre 2026
- Assurance Maladie — Prescrire un arrêt de travail
- Assurance Maladie — Prolonger un arrêt de travail
- Légifrance — Article R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale
- Légifrance — Article L. 162-4-1
- Légifrance — Article L. 162-4-4
À retenir
- Le motif médical doit être renseigné pour chaque arrêt maladie.
- La prescription initiale est plafonnée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours.
- Ces plafonds ne fixent pas une durée totale maximale d’arrêt.
- Une durée supérieure reste possible si elle est nécessaire et médicalement justifiée.
- L’e-AAT doit être privilégié ; à défaut, seul le Cerfa sécurisé peut être utilisé.
